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三亿下设4个职能科室，6个教学科室，2个省级科研平台，6个学术机构
一、职能科室：
院办公室、教务科、员工科、研究生科
二、教学科室：
药理教研室、药物化学教研室、药物制剂教研室、药物分析教研室、中药学教研室、实验教学中心
三、省级科研平台
特异性小分子药物四川省省高校重点实验室
四川省中医药管理局中药药剂学二级实验室
四、学术机构
三亿学术委员会、三亿教学委员会、三亿学位评定分委员会、三亿专业建设委员会、三亿研究生教学指导委员会、三亿设备委员会
